Cadet d’Alphonse Courbebaisse (figure importante du mouvement phalanstérien), Emile joue un rôle beaucoup plus modeste dans l’Ecole sociétaire. Il est né à Aurillac, d’un père « agent spécial du dépôt royal d’étalons », puis régisseur à l’Ecole vétérinaire de Toulouse. Admis à l’Ecole polytechnique en 1843, il devient élève du Génie maritime en 1845. Il est dès ce moment séduit par les idées phalanstériennes [1] ; il devient très vite actionnaire de l’Union agricole d’Afrique [2] - dont son frère est d’ailleurs l’un des correspondants. Ingénieur des constructions navales, il effectue d’abord sa carrière dans les ports de Brest (1847 à 1858) puis de Cherbourg (1858-1860). Ses supérieurs louent ses qualités inventives, son « zèle », même s’ils trouvent qu’il manifeste un esprit « plus spéculatif que pratique » ; il est chevalier de la légion d’honneur en 1858 (il obtient la croix d’officier en 1871). En 1860, il est promu secrétaire du Conseil des travaux de la Marine, à Paris, fonction qu’il occupe jusqu’en 1864. Il est alors nommé à Rochefort (où exerce également son frère, depuis 1860) ; mais en 1873, il est brusquement muté à Toulon, parce que, dit l’un de ses partisans, il a pris position contre le candidat soutenu par le gouvernement de l’Ordre moral lors d’une élection [3] . Il passe près d’une dizaine d’années dans la Var, où il remplit les fonctions de sous-directeur des constructions navales ; il bénéficie de l’estime du préfet maritime et du vice-amiral du port de Toulon qui, tout en le considérant comme « très original dans sa mise et ses habitudes », le couvrent d’éloges et le proposent pour un poste de directeur des constructions navales [4]. Il obtient en effet la direction de l’établissement d’Indret, près de Nantes, en 1884 et y reste jusqu’à son départ à la retraite en 1890. Il s’installe alors à Toulon.
Pendant cette carrière, Courbebaisse est l’auteur de plusieurs inventions concernant les procédés de construction navale et d’innovations dans les plans des bâtiments. Il participe activement à la transformation de la marine à voile en marine à vapeur. Ses activités dans les ports et les arsenaux sont entrecoupées de nombreux embarquements et missions.
Il se marie en 1849 avec Marie Sophie Edile Fabvre, fille d’un capitaine de vaisseau gouverneur de la Guadeloupe ; puis, devenu veuf en 1860, il se remarie deux années plus tard, avec Lucie Alexandrine Marie Gatine, fille d’un avocat au Conseil d’Etat et à la Cour de cassation.