Titulaire des baccalauréats es sciences et es lettres et d’une licence de mathématiques, Chouteau commence à enseigner au collège communal de Romorantin (1824-1825), puis continue à Blois (1825-1827), à Tonnerre (1828-1829) ; ayant obtenu l’agrégation de philosophie en 1830, il est nommé professeur de philosophie au collège royal de Tours (1830-1833), puis professeur de mathématiques à celui d’Auch (1833-1835). Mais les inspections ne sont guère favorables : « esprit peu philosophe », estime le recteur, lors de son séjour à Tours ; « M. Chouteau n’est nullement propre à l’enseignement des mathématiques ; il n’a ni l’ordre, ni la méthode, ni la netteté d’esprit, ni peut-être l’instruction que ce genre d’enseignement exige », observe le recteur de l’académie de Cahors [1]. Dans les années suivantes, Chouteau n’est plus nommé que dans de modestes collèges communaux à Saumur (1835-1841), à Aix (1841-1842), et enfin à Dole (1842-1853). Malgré ses demandes il n’obtient ni la chaire de philosophie en collège royal puis lycée, ni les postes de principal ou d’inspecteur qu’il réclame au ministère, afin de faire mieux faire vivre sa famille de six enfants. Dans sa correspondance, il attribue l’absence de promotion et l’échec de ses demandes de mutation à Victor Cousin, auquel des divergences de doctrine l’auraient opposé lors de son concours d’agrégation en 1830 [2].

Ses supérieurs hiérarchiques mettent surtout en avant son défaut de méthode, son goût pour les digressions, le manque de précision de son enseignement, et l’absence d’intérêt qu’il suscite auprès de son auditoire ; seuls deux élèves fréquentent ses cours à Saumur vers 1840 ; aussi le conseil municipal s’interroge-t-il sur les « sacrifices que la ville s’impose pour la conservation d’une chaire dont le professeur réunit si peu d’élèves » [3]. A Dole, où le principal souligne « l’espèce de discrédit dans lequel son enseignement paraît être tombé », le conseil municipal prévoit un moment de faire des économies et de supprimer son traitement (en réunissant les postes de professeur de philosophie et d’aumônier), avant de revenir sur sa décision.

Ses convictions phalanstériennes sont connues grâce à Catherine Cavelier, dont la nécrologie parue dans La Rénovation signale le « groupe phalanstérien fondé vers 1840 à Saumur par M. Choteau [sic], professeur de philosophie en cette ville » [4], où enseignent également Gustave Considerant, le frère de Victor, et Auguste Thérault, aussi fouriériste. Mais les principaux, inspecteurs et recteurs n’en font pas explicitement mention. Le recteur d’Angers lui trouve « en philosophie, des idées bizarres ». L’inspecteur général, à Aix, lui attribue « des théories un peu excentriques » dont cependant il veille à ne pas faire état en cours ; mais le recteur souligne qu’« il ne néglige aucune occasion de manifester les principes les plus religieux » et qu’« il a une très bonne conduite ». A Dole, « des mœurs graves, des habitudes exemplaires, des doctrines irréprochables ont concilié à M. Chouteau dans cette localité difficile la considération et la confiance ». Mais en 1851, le recteur observe : « On pourrait dire seulement qu’il y a exagération dans le sentiment religieux tendant à une espèce de mysticisme socialiste » [5].